12.09.2015, 11:11
Informace o výzkumu,hodně zajímavé
Dne 11. 9. 2015 vyšel Nature Publishing Group, v prestižním multidisciplinárním časopise Scientific Reports (IF: 5.58) vědecký článek „Erban, T., Harant, K., Hubalek, M., Vitamvas, P., Kamler, M., Poltronieri, P., Tyl, J., Markovic, M., Titera, D. 2015. In-depth proteomic analysis of Varroa destructor: Detection of DWV-complex, ABPV, VdMLV and honeybee proteins in the mite. Scientific Reports 5, 13907; doi: 10.1038/srep13907”
Autoři za VÚRV, v.v.i. jsou: Tomáš Erban, Martin Markovič (oba z týmu Biologicky aktivní látky v ochraně plodin) a Pavel Vítámvás (Biologie stresu a biotechnologie ve šlechtění).
Výstup vznikl při řešení projektů MZE QI111A119, QJ1310085 a RO0415, a vztahuje se i k mezinárodnímu projektu SUPER-B.
Článek je volně přístupný na adrese: http://www.nature.com/articles/srep13907
Přílohy ke článku (328 stran): http://www.nature.com/articles/srep13907...nformation
Citace:
Erban, T., Harant, K., Hubalek, M., Vitamvas, P., Kamler, M., Poltronieri, P., Tyl, J., Markovic, M., Titera, D. 2015. In-depth proteomic analysis of Varroa destructor: Detection of DWV-complex, ABPV, VdMLV and honeybee proteins in the mite. Scientific Reports 5, 13907; doi: 10.1038/srep13907.
Ve studii byla v kombinaci s afinitní chromatografií provedena detailní proteomická (LC-MS/MS a 2D-E-MS/MS) analýza roztoče Varroa destructor, který je nejvýznamnějším škůdcem včely medonosné. Výskyt roztoče ve včelstvu je spojován s rozvojem chorob, zejména virových. Proto byla v naší studii hlavním zájmem detekce patogenů, která měla napovědět více o tom, zda roztoč funguje pouze jako přenašeč (vektor) těchto patogenů nebo zda se v roztoči patogeny též množí (replikují). Analýzou byly ve V. destructor vůbec poprvé na proteinové úrovni identifikovány viry Varroa destructor Macula-like virus (VdMLV), deformed wing virus (DWV)-komplex a acute bee paralysis virus (ABPV). Varroa destructor Macula-like virus je dosud necharakterizovaný virus, a proto je tato studie průkopnická v poznání tohoto viru.
Analýzou jsme dokázali rozdělit detekované virové proteiny na strukturní a nestrukturní části. Z DWV byl detekován kompletní strukturní blok VP2-VP1-VP3, 1 peptid z VDV-1 helikázy a aminokyselinová substituce A/K/Q ve strukturním VP1, z ABPV byl detekován kompletní strukturní blok VP1-VP4-VP2-VP3 společně s virovými proteázami ještě nerozštepeným VP4/VP2, a z VdMLV byl detekován coat protein. Fakt, že strukturní proteiny virů byly detekovány ve velkém množství, zatímco nestrukturní proteiny detekovány nebyly (až na jeden peptid z DWV-VDV-1) prokazuje, že se viry v roztoči nemnoží. V. destructor tudíž slouží pouze jako vektor pro tyto nebezpečné viry, což vyvrací domněnky některých autorů, že by se viry DWV a ABPV aktivně množily v roztoči.
VP1 strukturní protein DWV je u skupiny picorna virů neobvykle veliký. Aminokyselinová substituce A/K/Q (v pozici 292 na VP1) může znamenat a) maskování před imunitním systémem včel nebo b) změnu v agresivitě viru. Strukturní analýza aminokyselinové substituce A/K/Q na VP1 odhalila, že se tato substituce vyskytuje mezi dvěma seriny a právě na jednom ze soudících serinů (S-291) jsme zjistili nejvyšší pravděpodobnost fosforylace kinázami na VP1. Fosforylace funguje jako „spouštěč“ replikace virů. Výpočet pravděpodobnosti fosforylace různými kinázami ukázal, že Q substituce zvyšuje oproti A a K substitucím replikační pravděpodobnost pro jednu z typů kináz. Výsledky tedy naznačují, že DWV s Q substitucí je agresivnější formou viru.
Dále jsme v roztoči vůbec poprvé detekovali proteiny ze včel. Podrobná analýza ukázala, že proteiny pocházely z různých vývojových stádií včel, zejména hemolymfy larvy a kukly. Minoritní zastoupení měly také proteiny z hemolymfy dospělých včel či proteiny ze včelího jedu. Výsledky tohoto typu jsou významné pro pochopení potravní biologie V. detructor a v budoucnu je lze využít pro analýzu trávení proteinů v roztoči.
Přínos výstupu je také v metodice vyhodnocení proteomických dat.
Dne 11. 9. 2015 vyšel Nature Publishing Group, v prestižním multidisciplinárním časopise Scientific Reports (IF: 5.58) vědecký článek „Erban, T., Harant, K., Hubalek, M., Vitamvas, P., Kamler, M., Poltronieri, P., Tyl, J., Markovic, M., Titera, D. 2015. In-depth proteomic analysis of Varroa destructor: Detection of DWV-complex, ABPV, VdMLV and honeybee proteins in the mite. Scientific Reports 5, 13907; doi: 10.1038/srep13907”
Autoři za VÚRV, v.v.i. jsou: Tomáš Erban, Martin Markovič (oba z týmu Biologicky aktivní látky v ochraně plodin) a Pavel Vítámvás (Biologie stresu a biotechnologie ve šlechtění).
Výstup vznikl při řešení projektů MZE QI111A119, QJ1310085 a RO0415, a vztahuje se i k mezinárodnímu projektu SUPER-B.
Článek je volně přístupný na adrese: http://www.nature.com/articles/srep13907
Přílohy ke článku (328 stran): http://www.nature.com/articles/srep13907...nformation
Citace:
Erban, T., Harant, K., Hubalek, M., Vitamvas, P., Kamler, M., Poltronieri, P., Tyl, J., Markovic, M., Titera, D. 2015. In-depth proteomic analysis of Varroa destructor: Detection of DWV-complex, ABPV, VdMLV and honeybee proteins in the mite. Scientific Reports 5, 13907; doi: 10.1038/srep13907.
Ve studii byla v kombinaci s afinitní chromatografií provedena detailní proteomická (LC-MS/MS a 2D-E-MS/MS) analýza roztoče Varroa destructor, který je nejvýznamnějším škůdcem včely medonosné. Výskyt roztoče ve včelstvu je spojován s rozvojem chorob, zejména virových. Proto byla v naší studii hlavním zájmem detekce patogenů, která měla napovědět více o tom, zda roztoč funguje pouze jako přenašeč (vektor) těchto patogenů nebo zda se v roztoči patogeny též množí (replikují). Analýzou byly ve V. destructor vůbec poprvé na proteinové úrovni identifikovány viry Varroa destructor Macula-like virus (VdMLV), deformed wing virus (DWV)-komplex a acute bee paralysis virus (ABPV). Varroa destructor Macula-like virus je dosud necharakterizovaný virus, a proto je tato studie průkopnická v poznání tohoto viru.
Analýzou jsme dokázali rozdělit detekované virové proteiny na strukturní a nestrukturní části. Z DWV byl detekován kompletní strukturní blok VP2-VP1-VP3, 1 peptid z VDV-1 helikázy a aminokyselinová substituce A/K/Q ve strukturním VP1, z ABPV byl detekován kompletní strukturní blok VP1-VP4-VP2-VP3 společně s virovými proteázami ještě nerozštepeným VP4/VP2, a z VdMLV byl detekován coat protein. Fakt, že strukturní proteiny virů byly detekovány ve velkém množství, zatímco nestrukturní proteiny detekovány nebyly (až na jeden peptid z DWV-VDV-1) prokazuje, že se viry v roztoči nemnoží. V. destructor tudíž slouží pouze jako vektor pro tyto nebezpečné viry, což vyvrací domněnky některých autorů, že by se viry DWV a ABPV aktivně množily v roztoči.
VP1 strukturní protein DWV je u skupiny picorna virů neobvykle veliký. Aminokyselinová substituce A/K/Q (v pozici 292 na VP1) může znamenat a) maskování před imunitním systémem včel nebo b) změnu v agresivitě viru. Strukturní analýza aminokyselinové substituce A/K/Q na VP1 odhalila, že se tato substituce vyskytuje mezi dvěma seriny a právě na jednom ze soudících serinů (S-291) jsme zjistili nejvyšší pravděpodobnost fosforylace kinázami na VP1. Fosforylace funguje jako „spouštěč“ replikace virů. Výpočet pravděpodobnosti fosforylace různými kinázami ukázal, že Q substituce zvyšuje oproti A a K substitucím replikační pravděpodobnost pro jednu z typů kináz. Výsledky tedy naznačují, že DWV s Q substitucí je agresivnější formou viru.
Dále jsme v roztoči vůbec poprvé detekovali proteiny ze včel. Podrobná analýza ukázala, že proteiny pocházely z různých vývojových stádií včel, zejména hemolymfy larvy a kukly. Minoritní zastoupení měly také proteiny z hemolymfy dospělých včel či proteiny ze včelího jedu. Výsledky tohoto typu jsou významné pro pochopení potravní biologie V. detructor a v budoucnu je lze využít pro analýzu trávení proteinů v roztoči.
Přínos výstupu je také v metodice vyhodnocení proteomických dat.
